8 research outputs found
Hydration change on complexation of aromatic ligands with DNA: molecular dynamics simulations
Aim. Analysis of the hydration changes at formation of DNA complexes with biologically active aromatic compounds (BAC): antibiotics actinomycin D, daunomycin, nogalamycin, novantrone and mutagens ethidium bromide and proflavine. Methods. Molecular dynamics simulations. Results. The hydration indexes for double-helical DNA and ligands in a free and complexed states were calculated. A critical analysis of modern ideas about changing water environment at binding of aromatic ligands to DNA was performed. Conclusions. It is shown that upon binding of aromatic BAC with DNA a significant (from 2.6 for novantrone to 13.1 for actinomycin D) liberation of water molecules out of hydration shells with the disruption of hydrogen bonds takes place.Π¦Π΅Π»Ρ. ΠΡΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ ΠΈΠ·ΠΌΠ΅Π½Π΅Π½ΠΈΡ Π³ΠΈΠ΄ΡΠ°ΡΠ°ΡΠΈΠΈ ΠΏΡΠΈ ΠΎΠ±ΡΠ°Π·ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠΈ ΠΊΠΎΠΌΠΏΠ»Π΅ΠΊΡΠΎΠ² Ρ ΠΠΠ Π°ΡΠΎΠΌΠ°ΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΡ
Π±ΠΈΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈ Π°ΠΊΡΠΈΠ²Π½ΡΡ
ΡΠΎΠ΅Π΄ΠΈΠ½Π΅Π½ΠΈΠΉ (ΠΠΠ‘): Π°Π½ΡΠΈΠ±ΠΈΠΎΡΠΈΠΊΠΎΠ² Π°ΠΊΡΠΈΠ½ΠΎΠΌΠΈΡΠΈΠ½Π° D, Π΄Π°ΡΠ½ΠΎΠΌΠΈΡΠΈΠ½Π°, Π½ΠΎΠ³Π°Π»Π°ΠΌΠΈΡΠΈΠ½Π°, Π½ΠΎΠ²Π°Π½ΡΡΠΎΠ½Π° ΠΈ ΠΌΡΡΠ°Π³Π΅Π½ΠΎΠ² Π±ΡΠΎΠΌΠΈΡΡΠΎΠ³ΠΎ ΡΡΠΈΠ΄ΠΈΡ ΠΈ ΠΏΡΠΎΡΠ»Π°Π²ΠΈΠ½Π°. ΠΠ΅ΡΠΎΠ΄Ρ. ΠΠΎΠ»Π΅ΠΊΡΠ»ΡΡΠ½Π°Ρ Π΄ΠΈΠ½Π°ΠΌΠΈΠΊΠ°. Π Π΅Π·ΡΠ»ΡΡΠ°ΡΡ. ΠΡΡΠΈΡΠ»Π΅Π½Ρ Π³ΠΈΠ΄ΡΠ°ΡΠ°ΡΠΈΠΎΠ½Π½ΡΠ΅ ΠΈΠ½Π΄Π΅ΠΊΡΡ Π΄Π»Ρ Π΄Π²ΡΡΠΏΠΈΡΠ°Π»ΡΠ½ΠΎΠΉ ΠΠΠ ΠΈ Π»ΠΈΠ³Π°Π½Π΄ΠΎΠ² Π² ΡΠ²ΠΎΠ±ΠΎΠ΄Π½ΠΎΠΌ ΡΠΎΡΡΠΎΡΠ½ΠΈΠΈ ΠΈ Π² ΡΠΎΡΡΠ°Π²Π΅ ΠΊΠΎΠΌΠΏΠ»Π΅ΠΊΡΠ°. ΠΡΠΎΠ²Π΅Π΄Π΅Π½ ΠΊΡΠΈΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΠΉ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ· ΡΠΎΠ²ΡΠ΅ΠΌΠ΅Π½Π½ΡΡ
ΠΏΡΠ΅Π΄ΡΡΠ°Π²Π»Π΅Π½ΠΈΠΉ ΠΎΠ± ΠΈΠ·ΠΌΠ΅Π½Π΅Π½ΠΈΠΈ Π²ΠΎΠ΄Π½ΠΎΠ³ΠΎ ΠΎΠΊΡΡΠΆΠ΅Π½ΠΈΡ ΠΏΡΠΈ ΡΠ²ΡΠ·ΡΠ²Π°Π½ΠΈΠΈ Ρ ΠΠΠ Π°ΡΠΎΠΌΠ°ΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΡ
Π»ΠΈΠ³Π°Π½Π΄ΠΎΠ². ΠΡΠ²ΠΎΠ΄Ρ. ΠΠΎΠΊΠ°Π·Π°Π½ΠΎ, ΡΡΠΎ ΠΏΡΠΈ Π²Π·Π°ΠΈΠΌΠΎΠ΄Π΅ΠΉΡΡΠ²ΠΈΠΈ Π°ΡΠΎΠΌΠ°ΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΡ
ΠΠΠ‘ Ρ ΠΠΠ ΠΏΡΠΎΠΈΡΡ
ΠΎΠ΄ΠΈΡ Π·Π½Π°ΡΠΈΡΠ΅Π»ΡΠ½ΠΎΠ΅ (ΠΎΡ 2,6 Π΄Π»Ρ Π½ΠΎΠ²Π°Π½ΡΡΠΎΠ½Π° Π΄ΠΎ 13,1 Π΄Π»Ρ Π°ΠΊΡΠΈΠ½ΠΎΠΌΠΈΡΠΈΠ½Π° D) Π²ΡΡΠ²ΠΎΠ±ΠΎΠΆΠ΄Π΅Π½ΠΈΠ΅ ΠΌΠΎΠ»Π΅ΠΊΡΠ» Π²ΠΎΠ΄Ρ Π³ΠΈΠ΄ΡΠ°ΡΠ½ΡΡ
ΠΎΠ±ΠΎΠ»ΠΎΡΠ΅ΠΊ Ρ ΡΠ°Π·ΡΡΠ²ΠΎΠΌ Π²ΠΎΠ΄ΠΎΡΠΎΠ΄Π½ΡΡ
ΡΠ²ΡΠ·Π΅ΠΉ.ΠΠ΅ΡΠ°. ΠΠΎΡΠ»ΡΠ΄ΠΆΠ΅Π½Π½Ρ Π·ΠΌΡΠ½ΠΈ Π³ΡΠ΄ΡΠ°ΡΠ°ΡΡΡ ΠΏΡΠΈ ΡΡΠ²ΠΎΡΠ΅Π½Π½Ρ ΠΊΠΎΠΌΠΏΠ»Π΅ΠΊΡΡΠ² Π· ΠΠΠ Π°ΡΠΎΠΌΠ°ΡΠΈΡΠ½ΠΈΡ
Π±ΡΠΎΠ»ΠΎΠ³ΡΡΠ½ΠΎ Π°ΠΊΡΠΈΠ²Π½ΠΈΡ
ΡΠΏΠΎΠ»ΡΠΊ (ΠΠΠ‘): Π°Π½ΡΠΈΠ±ΡΠΎΡΠΈΠΊΡΠ² Π°ΠΊΡΠΈΠ½ΠΎΠΌΡΡΠΈΠ½Ρ D, Π΄Π°ΡΠ½ΠΎΠΌΡΡΠΈΠ½Ρ, Π½ΠΎΠ³Π°Π»Π°ΠΌΡΡΠΈΠ½Ρ, Π½ΠΎΠ²Π°Π½ΡΡΠΎΠ½Ρ Ρ ΠΌΡΡΠ°Π³Π΅Π½ΡΠ² Π±ΡΠΎΠΌΠΈΡΡΠΎΠ³ΠΎ Π΅ΡΠΈΠ΄ΡΡ Ρ ΠΏΡΠΎΡΠ»Π°Π²ΡΠ½Ρ. ΠΠ΅ΡΠΎΠ΄ΠΈ. ΠΠΎΠ»Π΅ΠΊΡΠ»ΡΡΠ½Π° Π΄ΠΈΠ½Π°ΠΌΡΠΊΠ°. Π Π΅Π·ΡΠ»ΡΡΠ°ΡΠΈ. ΠΠ±ΡΠΈΡΠ»Π΅Π½ΠΎ Π³ΡΠ΄ΡΠ°ΡΠ°ΡΡΠΉΠ½Ρ ΡΠ½Π΄Π΅ΠΊΡΠΈ Π΄Π»Ρ Π΄Π²ΠΎΡΠΏΡΡΠ°Π»ΡΠ½ΠΎΡ ΠΠΠ Ρ Π»ΡΠ³Π°Π½Π΄ΡΠ² Ρ Π²ΡΠ»ΡΠ½ΠΎΠΌΡ ΡΡΠ°Π½Ρ ΡΠ° Ρ ΡΠΊΠ»Π°Π΄Ρ ΠΊΠΎΠΌΠΏΠ»Π΅ΠΊΡΡ. ΠΡΠΎΠ²Π΅Π΄Π΅Π½ΠΎ ΠΊΡΠΈΡΠΈΡΠ½ΠΈΠΉ Π°Π½Π°Π»ΡΠ· ΡΡΡΠ°ΡΠ½ΠΈΡ
ΡΡΠ²Π»Π΅Π½Ρ ΡΠΎΠ΄ΠΎ Π·ΠΌΡΠ½ΠΈ Π²ΠΎΠ΄Π½ΠΎΠ³ΠΎ ΠΎΡΠΎΡΠ΅Π½Π½Ρ ΠΏΡΠΈ Π·Π²βΡΠ·ΡΠ²Π°Π½Π½Ρ Π· ΠΠΠ Π°ΡΠΎΠΌΠ°ΡΠΈΡΠ½ΠΈΡ
Π»ΡΠ³Π°Π½Π΄ΡΠ². ΠΠΈΡΠ½ΠΎΠ²ΠΊΠΈ. ΠΠΎΠΊΠ°Π·Π°Π½ΠΎ, ΡΠΎ ΠΏΡΠΈ Π²Π·Π°ΡΠΌΠΎΠ΄ΡΡ Π°ΡΠΎΠΌΠ°ΡΠΈΡΠ½ΠΈΡ
ΠΠΠ‘ Π· ΠΠΠ Π²ΡΠ΄Π±ΡΠ²Π°ΡΡΡΡΡ Π·Π½Π°ΡΠ½Π΅ (Π²ΡΠ΄ 2,6 Π΄Π»Ρ Π½ΠΎΠ²Π°Π½ΡΡΠΎΠ½Ρ Π΄ΠΎ 13,1 Π΄Π»Ρ Π°ΠΊΡΠΈΠ½ΠΎΠΌΡΡΠΈΠ½Ρ D) Π²ΠΈΠ²ΡΠ»ΡΠ½Π΅Π½Π½Ρ ΠΌΠΎΠ»Π΅ΠΊΡΠ» Π²ΠΎΠ΄ΠΈ Π³ΡΠ΄ΡΠ°ΡΠ½ΠΈΡ
ΠΎΠ±ΠΎΠ»ΠΎΠ½ΠΎΠΊ Π· ΡΠΎΠ·ΡΠΈΠ²ΠΎΠΌ Π²ΠΎΠ΄Π½Π΅Π²ΠΈΡ
Π·Π²βΡΠ·ΠΊΡΠ²